A APAE de Francisco Morato foi fundada, em 1981, por seis pais, que tinham filhos com deficiência intelectual. Nesta época, seus filhos não frequentavam nenhuma escola e na ocasião da fundação, estes pais foram apoiados e orientados pelos voluntários que faziam parte da diretoria de outras APAES da região, principalmente, a do município de Franco da Rocha. No início a APAE funcionava numa sala cedida pelo Centro Social Urbano (CSU) de Francisco Morato, onde permaneceu por dois anos. Em 1983, a Prefeitura cedeu, em regime de comodato, o terreno onde foi construída a sede da organização e as salas de atendimento, onde a APAE está até hoje. Para atender as pessoas com deficiência, ao longo de 37 anos, a APAE de Francisco Morato firmou parcerias com instituições públicas, institutos e fundações dentre as quais destacamos: Capacitação Solidária (1999), Itaú social (2014), Banco Santander (2008), Fundação Abrinq (2015 a 2017), SUS (2009 a 2015 e nov/2017 à dez/2018) e Prefeitura (1989/atual) A APAE de Francisco Morato faz parte da rede intersetorial local para o atendimento de usuários com deficiência intelectual e múltipla e de suas respectivas famílias. Os programas, atividades e projetos realizados têm como foco a promoção da autonomia, a reabilitação, a melhoria da qualidade de vida e a inclusão social dos usuários com deficiência intelectual e múltipla, na faixa etária de recém-nascidos até adultos, e de suas respectivas famílias, cuidadores e/ou responsáveis legais. A Legislação Brasileira, entre as quais estão a Constituição Federal/88 o Estatuto da Criança e do Adolescente/ 90 asseguram os direitos a reabilitação, educação e inclusão social de crianças, adolescentes, jovens e adultos com deficiência e, reconhece como dever da família, da sociedade e do Estado o dever a proteção das pessoas com deficiência. A Lei orgânica da Assistência Social - LOAS/93 garante o beneficio de transferência de renda para que as famílias possam promover a reabilitação de seus filhos com deficiência, principalmente, no que se refere ao acompanhamento das terapias de reabilitação, atendimentos médicos, exames específicos e atividades sócio educativas que promovam a inclusão social.